Подготовительным этапом к проведению Ассамблеи стала работа «Зелёного Паруса» на форуме «Великие реки» в 2004 году, когда на ярмарке была организована молодёжная секция, где своим опытом делились члены природозащитных групп из Нижегородской и Владимирской областей, а также из республики Чувашии.
Тогда же, во время открытия форума «Великие реки», молодежная экологическая организация «Зелёный Парус» и движение «Поможем реке» провели акцию, выступив против строительства низконапорной плотины на Волге в Нижегородской области. Активисты организаций развернули плакаты с протестами, переключив внимание посетителей форума с обтекаемых речей высоких гостей на реально существующую и остро стоящую проблему.
В начале 2005 года «Зелёный Парус» предложил превратить молодёжную часть форума «Великие реки» в отдельное мероприятие – детско-юношескую экологическую Ассамблею, и с энтузиазмом взялся за её организацию.