Обдумывая программу девятой Ассамблеи организаторы снова решили сделать несколько изменений. Поскольку с каждым годом желающих поучаствовать в Ассамблее становится всё больше и больше, она становится перенаселённой участниками, что мешает в работе им самим. Поэтому было решено проводить предварительный отбор тезисов, к участию в конференции экологических проектов в первый день Ассамблеи были приглашены только авторы прошедших отбор работ.
В 2013 в очередной раз стало понятно, что география Ассамблеи постоянно расширяется: для участия в Ассамблее в 2013 году приехало более 250 представителей 70 молодёжных экологических организаций, клубов и школ из 15 регионов России.
После открытия работа Ассамблеи продолжилась конференцией школьных исследовательских проектов. Участники Ассамблеи привезли с собой более 120 проектов, посвященных ресурсосбережению, исследованиям качества питьевой воды, разработке экологических троп, изучению биоразнообразия и прочим вопросам.
«Общее впечатление от конференции таково: все представленные работы выполнены очень и очень добротно», - заявил по окончании первой секции конференции эксперт Ассамблеи, старший научный сотрудник ботанического сада ННГУ Илья Львович Мининзон в первый день работы Ассамблеи.
Впервые в рамках Ассамблеи также состоялся конкурс методических разработок учителей, преподающих биологию и экологию в школах и клубах. Для участия в нём педагоги прислали более 50 методических разработок. Эксперты конкурса отобрали 24 лучшие разработки, которые были опубликованы в сборнике материалов Ассамблеи. Авторов опубликованных работ наградили дипломами лауреатов Ассамблеи.
Подведение итогов конкурса состоялось в первый день Ассамблеи, после педагоги обсудили общие проблемы преподавания экологии и биологии в школах и учреждениях дополнительного образования.
Впервые в рамках Ассамблеи был презентован и запущен масштабный проект: в первый день организации «Компьютерный экологический центр» и «Зелёный Парус» рассказали о проекте «Карта качества воды», посвященном мониторингу качества воды в водоёмах Нижегородской области.
Во второй день Ассамблеи прошёл семинар, во время которого ребят познакомили с теорией мониторинговой работы, рассказали, наличие каких химических элементов необходимо проверять в водоёмах.
Параллельно с семинаром по мониторингу воды часть участников Ассамблеи посетила биологический факультет ННГУ им. Н. И. Лобачевского, где их познакомили с работой факультета и показали им университетский зоологический музей.
После всех семинаров и встреч участники Ассамблеи разбились на группы и отправились на экскурсии: у них была возможность узнать, как работает городская станция водоочистки, посмотреть, как изнутри устроена гидроэлектростанция, а таже ознакомиться с работой нижегородского ботанического сада.
На третий день Ассамблеи участников снова ожидало непривычное мероприятие: вместо лекций и семинаров они отправились на Щёлоковский хутор (лесопарковая зона в Нижнем Новгороде, памятник природы областного значения), чтобы самостоятельно исследовать качество воды в озёрах и ручьях, расположенных на его территории.
Несколько участников практического занятия решили присоединиться к проекту «Карта качества воды».
После практикума по определению качества воды участники Ассамблеи отправились на семинар по информационной поддержке мониторинговых исследований, где они смогли подробно разобрать, как и в какой последовательности нужно действовать, чтобы распространить результаты своих исследований и сделать их нужными и полезными для большого количества людей.
Закрылась Ассамблея традиционно на четвёртый день, 18 мая, пленарным заседанием и принятием итоговой резолюции, которая вошла в резолюцию форума «Великие реки».